Nur sechs Jahre lang – von 1926 bis 1932 – diente die Meisterhaussiedlung ihrer Bestimmung als Wohnort der Lehrer an der Bauhaus-Hochschule für Gestaltung. Nachdem die NSDAP 1931 die Gemeinderatswahlen gewonnen hatte, wurde im Folgejahr ein Ratsbeschluss zur Auflösung dieses Laboratoriums der Moderne herbeigeführt, an welchem neben dem Gründer Walter Gropius so bedeutende Künstler wie Wassily Kandinsky, Paul Klee, Oskar Schlemmer, Georg Muche, Lyonel Feininger, Hinnerk Scheper, Josef Albers und Lázló Moholy-Nagy unterrichteten.

1939 verkaufte die Stadt Dessau die in ihrem Auftrag errichteten Häuser an die benachbarten Junkerswerke. Verbunden damit war die vertragliche Auflage, "diese Häuser im Einvernehmen mit dem Stadtbauamt außen (…) so umzugestalten, dass die wesensfremde Bauart aus dem Stadtbild verschwindet." Man verkleinerte die meisten Atelier- und Treppenhausfenster, welche zu empfindlichen Wärmeverlusten geführt hatten und zog Zwischenwände ein, was zusätzliche Fenster erforderte, doch unterblieb die verlangte Umgestaltung großen Stils.

Während des II. Weltkrieges waren die Junkerswerke als wichtige Fabrik für Militärflugzeuge ein Ziel alliierter Bombenangriffe. Dabei wurde die Stadt Dessau im März 1945 zu über 80% zerstört. Auch die ehemalige Meisterhaussiedlung erhielt einen Treffer, der eine Doppelhaushälfte zerstörte und die Direktorenvilla von Gropius so stark beschädigte, dass sie bis auf das Souterraingeschoss abgetragen werden musste.

Die bald nach dem Krieg von offizieller Seite aufgebrachte Formalismus-Diskussion ließ in der DDR zunächst keinen Platz für die Bauhaus-Moderne und so kam es zu weiteren Umbauten. Die nur schlecht funktionierenden Zentralheizungen wurden durch Öfen ersetzt, für die entlang der Außenwände Kamine bis weit über die Abschlussgesimse hochgemauert werden mussten. Auf den meisten Wandflächen brachte man einen rauen Spritzputz auf, Fenster wurden ausgetauscht. Im Laufe der Jahrzehnte errichteten die Bewohner auf eigene Initiative Anbauten und Unterstände und ersetzten Verschleißteile, doch unterblieb eine umfassende Bauunterhaltung. Daher war zu DDR-Zeiten nicht mehr viel von der "begeisternden materiellen Existenz" zu erleben, von welcher der polnische Dichter Tadeusz Peiper 1927 schrieb:

Nach der Wende bemühte sich die Stadt Dessau um die Wiederherstellung der mit ihrem Namen verbundenen Bauhausbauten. Nach und nach wurden die Meisterhäuser mit wechselnden Sponsoren, Baubüros und Restaurierungsteams Verjüngungskuren unterworfen, deren Prinzipien nicht einheitlich waren, aber dem Willen der Stadt entsprachen, "die Siedlung (…) in ihrer ursprünglichen zeitlosen und klaren Schönheit wiederherzustellen." Der Oberbürgermeister zeigte sich erleichtert, dass die Spuren der (Stadt)geschichte, die an den Veränderungen der Häuser ablesbar gewesen waren, nicht belassen wurden:

Zu den wichtigsten Funktionen, die Denkmale nach Meinung der meisten Politiker heutzutage zu erfüllen haben, gehört es, Touristen anzuziehen, weshalb sie entsprechend herausgeputzt werden müssten. Nachdem die Bauhaus-Stätten in Weimar und Dessau 1996 auf die Weltkulturerbeliste der UNESCO gesetzt worden waren, empfanden viele Entscheidungsträger die Verpflichtung zur Pflege dieses Erbes als eine Aufforderung zur Rekonstruktion. Selbst die Landesdenkmalpflege sah dies so:

Für einige Theoretiker der Denkmalpflege macht die dem Architektenentwurf zugrundeliegende, nicht korrumpierbare Idee den Kern eines Bauwerks aus, nicht aber der konkrete, stets im Verfall begriffene Bestand. Deshalb sei auf das Bild hin zu rekonstruieren, das dem Architekten einst vor Augen stand. Dieses Bild zeichne sich im Fall der Moderne durch eine strahlende Erscheinung aus – ewig jung erfordere es (im Unterschied zur traditionellen Architektur) eine immerwährende Erneuerung der Substanz.

Andere sehen mit Holger Brülls die Zielvorgabe im "mehr oder weniger verlässlich" überlieferten Erscheinungsbild des realisierten Bauwerks. Die wünschenswerte Rekonstruktion "des historisch plausiblen Erscheinungsbildes" erfordere daher "die systematische Beseitigung fast aller Geschichtsspuren". Man bezieht sich dabei nicht länger "auf die Bedeutung des Gewordenen, sondern vielmehr auf die des Gewesenen".

Unter Verweis auf die wieder sichtbar gemachten Baukunstwerke brachte man Verständnis für die städtischen Vorgaben auf:

Diese Beurteilung vernachlässigt den Unterschied zwischen nutzungsbedingten Alterungsspuren und Anpassungsmaßnahmen einerseits und den ideologisch bedingten Umbaumaßnahmen andererseits, durch welche den "Betonwürfeln" ihr modernes Erscheinungsbild genommen werden sollte. Im nachhinein musste der wissenschaftliche Beirat der Wüstenrot Stiftung festhalten: "Es dürfte wohl keine Bausituation geben, in der das damalige Bauhausverbot, das heißt das verachtende Eliminieren einer international anerkannten Baukultur, schlüssiger und zwingender zur Begegnung hätte werden können als in der ehemaligen Meisterhaus-Siedlung." Die unreflektierte Wiederherstellung der Häuser von Feininger, Klee und Kandinsky brachte es mit sich, dass ein Konservieren der verbliebenen Umbaumaßnahmen des Dritten Reiches an den Häusern von Muche und Schlemmer ausgeschlossen schien.

Indem sie darauf abzielten, die Schönheit des Entwurfs wiederherzustellen und danach trachteten, alle materiellen Schäden auszubessern, haben die restauratorischen Maßnahmen ein fragwürdiges Verlangen nach einer Rekonstruktion der verlorenen Bauten befördert:

Die Pressemehrheit wandte sich gegen Rekonstruktionsambitionen: "Auch für die Glaubwürdigkeit der Meisterhäuser wäre es wichtig, die Lücken zu belassen. Denn nach ihrem großen Moment, den Tagen des Bauhauses, hatte diese Villenkolonie ein zeittypisches Schicksal, von dem man wissen sollte." (noch einmal Wolfgang Pehnt in der FAZ 2002). Würde die Siedlung komplettiert, so wäre mit dem Anschauungs- und Informationsgewinn auch ein ebensolcher Verlust verbunden.

Im April 2002 gewann die bis dahin eher abstrakte Diskussion eine neue Grundlage, da die Stadt Dessau das Grundstück zurückkaufen konnte, auf dem einst das Wohnhaus von Gropius stand. Sie tat dies, "um sich eine Option auf die Rekonstruktion des Gebäudes zu sichern." Hierfür müsste ein vom städtischen Baurat Alfred Müller entworfenes Haus abgerissen werden, welches 1956 auf Zweidritteln der Souterraingeschossfläche der ehemaligen Direktorenvilla errichtet wurde. Für sich genommen ist dieses Satteldachhaus für einen leitenden Ingenieur des Dessauer Gasgerätewerks kein Denkmal. Sein Vorhandensein ist jedoch im hohen Maße bezeichnend für den Umgang der DDR mit dem Erbe der Bauhaus-Moderne, das – auch an diesem Ort! – völlig ignoriert wurde, derweil man sich wieder der etwas älteren Reformarchitektur zuwandte, wie sie etwa von Heinrich Tessenow vertreten worden war. Diese Situation, der man einen gewissen Symbolwert zusprechen kann, wäre bewahrenswert, zumal das Satteldachhaus mit Gropius-Sockel die dort vorgesehene Funktion einer zentralen Anlaufstelle mit Museumsshop und Café übernehmen könnte.

Eine Rekonstruktion der Gropius-Villa erscheint aus der Sicht der amtlichen Denkmalpflege als ein Ding der Unmöglichkeit. Der detaillierteste Entwurfsplan hat lediglich den Maßstab 1:200, Bauausführungspläne sind unbekannt. Fotos gibt nur in Schwarz/Weiß. Analogieschlüsse von den übrigen Meisterhäusern sind – wie man seit den Restaurierungen weiß – nur bedingt möglich: Der experimentelle Charakter einer Bauausführung mit innovativen Materialien führte zu zahlreichen Varianten.

In der Situation, da die im Hintergrund agierende Ministerialbürokratie und die Stadt die Rekonstruktion wünschten, die Denkmalpflege diese aber weder für zulässig noch für möglich hielt, brachte die ortsansässige Bauhaus-Stiftung den Gedanken eines "dritten Weges" zwischen Rekonstruktion und Konservierung auf. Der Intention des historischen Bauhauses, zukünftigen Lebenswelten Gestalt zu geben, würde man am besten durch eine "Aktualisierung der Moderne" gerecht. Nach verschiedenen Ideenwettbewerben und Kolloquien bereitete die Stadt 2007 eine Ausschreibung vor, die eine Lösung "zwischen der Unmöglichkeit einer wissenschaftlich fundierten Rekonstruktion und dem Wunsch der Wiederherstellung des ästhetischen Erlebnisses" bringen sollte.

Ziel des Wettbewerbs waren Neubauten, die ihre berühmten Vorgänger zeitgenössisch interpretieren:

Der Präsident des Internationalen Rates für Denkmalpflege ICOMOS, Michael Petzet, fand es "völlig unangemessen, in dieses Ensemble einen Neubau zu setzen." Eine Rekonstruktion würde sich als "das Selbstverständliche" anbieten, wobei man im Inneren funktionsgerechte Kompromisse machen könne. Freilich wäre es das einfachste, "alles so zu belassen, wie es ist." (Mitteldeutsche Zeitung, 03.11.2007)

Birgitta Ringbeck, Vertreterin der deutschen Länder beim Welterbekomitee der UNESCO, riet von einem "Neubau auf dem Gropius-Sockel" ab. "Man müsste Weltklasse-Architekten gewinnen, die sind schwer zu bekommen und zu bezahlen. Gelingt genau das nicht, solle man in Dessau "den sicheren Weg gehen und einen qualitätvollen Nachbau des Gropius-Hauses anpacken." (Mitteldeutsche Zeitung, 29.03.2007)

Mit "Neubau" ist also zeitgenössische Architektur gemeint, die man nicht wünscht. Als Gegenwort zu "Neubau" wird "Nachbau" verwandt, um vergessen zu machen, dass es sich bei einer Rekonstruktion ebenfalls um einen Neubau handeln würde. Als "sicherer Weg" wird hier bezeichnet, was der Landesdenkmalpflege von Sachsen-Anhalt "ethisch unzulässig" schien. Der damalige Direktor der Bauhaus Stiftung Dessau, Omar Akbar, erklärte, er sei "verwundert, wie leichtfertig architektonische Rekonstruktionen bejaht werden und heutigen Architekten zugleich die Fähigkeit abgesprochen wird, mit dem Ensemble adäquat umgehen zu können." (Mitteldeutsche Zeitung, 20.04.2007)

Trotz dieses Meinungsbildes schrieb die Stadt Dessau den internationalen Wettbewerb wie geplant aus, um dem Vorwurf der Provinzialität zu entgehen. Als die Ergebnisse vorlagen, musste Jurymitglied Georg Mörsch feststellen, man sei "ein wenig enttäuscht worden". Einen 1. Preis wollte man nicht vergeben, die beiden 2. Preise zur Realisierung nicht empfehlen. Einer sah vor, den Bestand zu bewahren und einen Pavillon als Besucherempfang zu errichten, der andere, die ehemaligen Kubaturen der Gebäude in schwarz gefärbtem Fiberglas nachzustellen.

In einer Presserklärung des Kultusministeriums vom Mai 2008 zeigte sich Minister Olbertz erleichtert, "dass keine Empfehlung zu einer direkten Rekonstruktion ausgesprochen wurde", denn "Denkmalpflege kann nicht so vorgehen, als sei nichts geschehen. (…) Gerade an einem so spannungsvollen Ort sei Entspannung nicht angesagt. Künftige Generationen hätten beim Betrachten des wiederhergestellten Bauensembles dann keinen Anlass mehr, wichtige Fragen nach historischen Zusammenhängen und Kontroversen aufzuwerfen."

Im Juni 2008 verabschiedete docomomo Deutschland (Mitglied der Internationalen Vereinigung für die Dokumentation und den Erhalt von Bauwerken im Stil der Moderne) eine Erklärung: "Die Rekonstruktion des Bauzustandes von 1926 halten wir für ebenso verfehlt wie Neubauprojekte, die auf die Beseitigung des aktuellen, und gerade in Bezug auf die Architektur der Moderne außerordentlich aussagekräftigen Baubestandes zielen. Beide Positionen gefährden die Vielschichtigkeit und Historizität dieses Ortes, indem die an den existierenden Bauten ablesbaren Geschichtsspuren zugunsten einer ästhetisch prägnanten, historisch jedoch verkürzenden und verfälschenden Aussage zerstört werden."

Dennoch beschloss der Rat der Stadt Dessau-Roßlau:

Die dem zweitplatzierten Büro Nina Lippuner und Johannes Wick (Zürich) abverlangten Planwechsel verdeutlichten, dass man Neubauten wünscht, von denen nicht feststeht, welchen Zwecken sie dienen sollen. Statt der schwarz getönten Kuben in den Umrissen der Originale, aber ohne deren Detaillierung, wird es am "bauzeitlichen Erscheinungsbild" weitere Änderungen geben. Der Kommentar von ICOMOS:

Aber auch ICOMOS muss sich Kritik gefallen lassen:

Am 26. August 2009 teilte der Wirtschaftsdezernent dem Rat der Stadt Dessau-Roßlau mit, dass die mit der "städtebaulichen Reparatur" und "Gestaltungsplanung" beauftragten Architekten ihre Projektbeteiligung aufkündigten. Die Stadt initiierte daraufhin einen neuen, diesmal beschränkten Wettbewerb, den das Berliner Architekturbüro Bruno Fioretti Marquez gewann. Dessen Konzept der "Unschärfe" sieht vor, das Direktorenhaus und die verlorene Doppelhaushälfte nicht zu rekonstruieren, wohl aber in ihrer Kubatur zurückzugewinnen: